Terdapat banyak kaedah pengekstrakan yang biasa digunakan untuk perubatan Cina. Pengekstrakan perubatan Cina dengan komponen kimia yang berbeza harus memilih kaedah yang sesuai. Kaedah pengekstrakan biasa termasuk: pengekstrakan air, pengekstrakan pelarut organik, pengekstrakan pelarut organik berasid atau beralkali, penyulingan wap, hidrolisis enzimatik atau perencatan hidrolisis enzimatik, rawatan kimia, pengekstrakan sublimasi, pengekstrakan superkritikal, pengekstrakan ultrasonik, pengekstrakan berbantukan gelombang mikro.
Kebanyakan pengekstrakan perubatan Cina menggunakan proses pengekstrakan seperti pengekstrakan kacau atau pengekstrakan dinamik peredaran pam, kerana pengekstrakan pelarut kacau dan cecair boleh meningkatkan kesan pengekstrakan dan kelajuan pengekstrakan. Disebabkan oleh peningkatan dalam perbezaan kepekatan dan tekanan pada bahagian dalam kapilari bahan ubatan lebih besar daripada tekanan di hujung luar, ekstrak di dalam bahan ubatan secara berterusan mengalir melalui kapilari ke dalam pelarut.